Институт је центар сарадник Светске здравствене организације за медицину рада, наставна база Медицинског факултета Универзитета у Београду, седиште Републичке стручне комисије за медицину рада коју образује Министарство здравља, као и Секције за медицину рада Српског лекарског друштва.
Институт је основан 1953. године као Клинички центар за професионалне болести при Медицинском факултету у Београду и саставни део Катедре за интерне болести.
Центар 1956. године постаје самостална установа под називом Центар за професионалне болести, а 1959. године прераста у Институт за медицину рада предводећи традицију заштите здравља радника, која у тадашњој Југославији почиње тридесетих година прошлог века.
Од 1983. године Институт је организациона јединица Клиничког центра Србије.
Влада Републике Србије својом одлуком од 29. марта 2007. године оснива Институт као самосталну установу под именом Институт за медицину рада Србије „Др Драгомир Карајовић”, који постаје самостална здравствена установа 13. јула 2009. године.