У Институту постоје следеће организационе јединице:
- Управа института
- Центар за унапређење медицине рада
-
Центар за дијагностику и лечење професионалних болести и болести у вези са радом, са стационаром;
- Одељење за поликлиничку и стационарну дијагностику са кабинетом за Sleep Apnea синдром
- Одељење за лабораторијску дијагностику
- Центар за радиолошку заштиту;
- Центар за хигијену и физиологију рада;
- Центар за оцену радне способности;
- Служба за правне, економско-финансијске,опште и техничке послове